Pada tahun 1986-1998 beliau menjabat sebagai Ephorus Huria Kristen Batak Protestan (HKBP). HKBP ialah Gereja beraliran Lutheran di Indonesia. Pada saat itu, terjadi gejolak dualisme kepemimpinan dalam tubuh HKBP (1992-1998).
Sebelumnya, S.A.E Nababan pernah menjabat sebagai Sekretaris Umum Persekutuan Gereja-Gereja di Indonesia pada tahun 1967-1984 kemudian meneruskan kepemimpinannya menjadi Ketua Umum Persekutuan Gereja-Gereja di Indonesia pada tahun 1984-1987.
Pdt. S.A.E Nababan sangat banyak terlibat dalam Organisasi Gereja di tingkat dunia. Ia pernah menjabat sebagai Sekretaris Pemuda Dewan Gereja-Gereja Asia pada tahun 1963-1967 dan Presiden dari lembaga yang sama pada tahun 1990-1995.
Tidak hanya itu, Beliau juga pernah menjadi Wakil Ketua dari Komite Sentral Dewan Gereja-Gereja se-Dunia pada 1983-1998. Dilanjutkan dengan Wakil Presiden Federasi Lutheran se-Dunia dan anggota Komite Eksekutif dari lembaga yang sama.
Pdt. S.A.E Nababan juga menjabat sebagai Ketua pertama dari Vereinte Evangelische Mission (United Evangelical Mission), sebuah Lembaga Misi Internasional yang terdiri atas 34 Gereja Anggota yang tersebar di Afrika, Asia, dan Jerman.
Dalam Sidang Raya ke-9 Dewan Gereja-Gereja se-Dunia di Porto Alegre, Brasil pada tahun 2006, Pdt.S.A.E Nababan terpilih menjadi salah seorang Presiden dari lembaga Persekutuan Gereja-Gereja se-Dunia itu yang beranggotakan Gereja-Gereja Protestan dan Ortodoks.
Pdt.S.A.E Nababan menikah dan mempunyai dua anak laki-laki, dan seorang anak perempuan serta dua orang cucu. Puteranya, Hotasi Nababan merupakan Alumni ITB dan MIT serta pernah menjabat sebagai CEO Merpati Nusantara dan GE Indonesia.
Dua orang dari saudara kandung S.A.E Nababan adalah Panda Nababan (pernah menjadi anggota DPR RI dari PDI-Perjuangan) dan Asmara Nababan (pernah menjadi Komisi Nasional Hak Asasi Manusia)